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課程簡介
微生物基因組學導論
- 微生物基因組學和宏基因組學概述
- 測序技術和典型研究設計
- 關鍵文件格式和數據組織
質量控制與預處理
- 讀取質量評估與修剪
- 宿主去除與污染篩查
- 讀取標準化與下游考慮
分類學分析方法
- 基於標記的分析與MetaPhlAn
- K-mer與分類方法，使用Kraken2和Bracken
- 分析輸出比較與可視化
宏基因組組裝與分箱（概述）
- 組裝策略與SPAdes使用
- 重疊羣分箱概念與常用工具（簡要）
- 評估組裝質量與完整性
基因組註釋與MLST
- 使用Prokka進行基因組註釋
- 執行MLST並解釋序列類型
- 生成報告以分享結果
SNP檢測與系統發育學
- 基於映射的SNP檢測工作流，使用Snippy
- 使用IQ-TREE構建系統發育樹
- 使用iTOL進行樹的可視化與解釋
抗微生物耐藥性與功能分析
- 使用AMRFinderPlus、CARD和ResFinder檢測AMR基因
- 功能分析與通路總結
- 報告耐藥性與功能註釋
可重複的工作流與最佳實踐
- 使用Conda、Docker和管道模板實現可重複性
- 數據管理、元數據標準與FAIR原則
- 使用雲資源與Notebook擴展分析
案例研究與實操實驗
- 從原始讀取到分類表的16S/18S擴增子分析
- 宏基因組分析與樣本間比較分析
- 基因組組裝、註釋、SNP系統發育與AMR報告
總結與下一步
最低要求
- 熟悉基本的生物學概念，如DNA和基因
- 建議具備使用命令行界面的經驗
- 基本瞭解測序概念及文件格式（FASTQ、FASTA）
受衆
- 微生物學家
- 學術研究人員
- 對微生物基因組學感興趣的研究人員及行業科學家
21 時間：
