課程簡介
一、引言和預備
1. 概述
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使 R 更友好、R 和可用的 GUI
Rstudio(雷工作室)
相關軟體和文件
R 和統計
以交互方式使用 R
介紹性會議
獲取有關功能和特性的説明
R 命令、區分大小寫等。
調用和更正以前的命令
從檔案執行命令或將輸出轉移到檔
數據持久性和刪除物件
Good 程式設計實踐: 自包含腳本,良好的 可讀性,例如結構化腳本、文檔、Markdown
安裝套件;CRAN和生物導體
2. 讀取數據
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Txt 文件 (read.delim)
CSV 檔
3.操作簡單;數位和向量 + 陣列
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向量和賦值
向量算術
生成規則序列
邏輯向量
缺失值
字元向量
索引向量;選擇和修改數據集的子集
陣 列
清單 構造和修改清單 連接清單
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數據框
創建資料框
6. 有關讀取數據 的更多資訊
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XLS、XLSX 檔
readr 和 readxl 包
SPSS、SAS、Stata,...等格式數據
將數據匯出為 txt、csv 和其他格式
6. 分組、循環和條件執行
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分組表達式
控制語句
條件執行:if 語句
重複執行:for 迴圈、repeat 和 while
Apply、Lapply、Sapply、Tapply 簡介
7. 功能
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創建函數
可選參數和預設值
可變數量的參數
範圍及其後果
8. R 中的簡單圖形
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創建圖表
密度圖
點圖
條形圖
折線圖
餅圖
箱線圖
散點圖
組合圖
二、R 語言中的統計分析
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1. 概率分佈
R 作為一組統計表 檢查一組數據的分佈
2. 假設檢驗
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關於總體均值的檢驗
似然比檢驗
單樣本和雙樣本測試
卡方 Go擬合度檢驗
Kolmogorov-Smirnov 單樣本統計量
Wilcoxon 符號排名測試
雙樣本測試
Wilcoxon 秩和檢驗
Mann-Whitney 檢驗
Kolmogorov-Smirnov 測試
3. 假設的多重檢驗
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I 類錯誤和 FDR
ROC 曲線和 AUC
多種測試程式(BH、Bonferroni 等)
4. 線性回歸模型
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用於提取模型資訊的泛型函數
更新擬合模型
廣義線性模型
家族
glm() 函數
分類 邏輯回歸
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線性判別分析
三、生物資訊學 中存在的問題
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limma包簡介
微陣列數據分析工作流程
從GEO下載數據:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397
資料處理(QC、歸一化、差異表達)
火山地塊
Custering 示例 + 熱圖
客戶評論 (9)
The pace was just right and the relaxed atmosphere made candidates feel at ease to ask questions.
Rhian Hughes - Public Health Wales NHS Trust
Course - Introduction to Data Visualization with Tidyverse and R
內容,因為我覺得它非常有趣,並認為它會對我在大學的最後一年有所説明。
Krishan - NBrown Group
Course - From Data to Decision with Big Data and Predictive Analytics
機器翻譯
very tailored to needs
Yashan Wang
Course - Data Mining with R
The trainer was so knowledgeable and included areas I was interested in
Mohamed Salama
Course - Data Mining & Machine Learning with R
Good real world examples, reviews of existing reports
Ronald Parrish
Course - Data Visualization
Intensity, Training materials and expertise, Clarity, Excellent communication with Alessandra
Marija Hornis Dmitrovic - Marija Hornis
Course - Data Science for Big Data Analytics
I learned a lot - not only in theoretical knowledge but I also applied that knowledge during the training and therefore I really understood what process mining is and how it works. Thanks a lot!
Julia Dörre - Techniker Krankenkasse
Course - Process Mining
how the trainor shows his knowledge in the subject he's teachign
john ernesto ii fernandez - Philippine AXA Life Insurance Corporation
Course - Data Vault: Building a Scalable Data Warehouse
我現在對編碼更有信心了。我以前從未做過,但現在我明白這不是火箭科學,我可以在必要時這樣做。
Anna - Birmingham City University
Course - Foundation R
機器翻譯