課程簡介

一、引言和預備

1. 概述

    使 R 更友好、R 和可用的 GUI Rstudio(雷工作室) 相關軟體和文件 R 和統計 以交互方式使用 R 介紹性會議 獲取有關功能和特性的説明 R 命令、區分大小寫等。 調用和更正以前的命令 從檔案執行命令或將輸出轉移到檔 數據持久性和刪除物件 Good 程式設計實踐: 自包含腳本,良好的   可讀性,例如結構化腳本、文檔、Markdown 安裝套件;CRAN和生物導體

2. 讀取數據

    Txt 文件  (read.delim) CSV 檔

3.操作簡單;數位和向量  + 陣列

    向量和賦值 向量算術 生成規則序列 邏輯向量 缺失值 字元向量 索引向量;選擇和修改數據集的子集 陣 列
陣列索引。陣列的子部分
  • 索引矩陣
  • array() 函數 + 對數位的簡單操作,例如乘法、換位  
  • 其他類型的物件
  • 4. 列表和資料框
  • 清單 構造和修改清單 連接清單

      數據框 創建資料框
    使用數據框
  • 附加任意清單
  • 管理搜尋路徑
  • 5. 資料操作
  • 選擇觀測值和變數,對觀測值和變數         進行子集化 篩選、分組 重新編碼、轉換 聚合,組合數據集 形成分區矩陣 cbind() 和 rbind() 帶有陣列的串聯函數 () 字元操作,串線包 grep 和 regexpr 的簡短介紹
  • 6. 有關讀取數據                                            的更多資訊

      XLS、XLSX 檔 readr  和 readxl 包 SPSS、SAS、Stata,...等格式數據 將數據匯出為 txt、csv 和其他格式

    6. 分組、循環和條件執行

      分組表達式 控制語句 條件執行:if 語句 重複執行:for 迴圈、repeat 和 while Apply、Lapply、Sapply、Tapply 簡介

    7. 功能

      創建函數 可選參數和預設值 可變數量的參數 範圍及其後果

    8. R 中的簡單圖形

      創建圖表 密度圖 點圖 條形圖 折線圖 餅圖 箱線圖 散點圖 組合圖

    二、R 語言中的統計分析

      1.    概率分佈

    R 作為一組統計表 檢查一組數據的分佈

    2.   假設檢驗

      關於總體均值的檢驗 似然比檢驗 單樣本和雙樣本測試 卡方 Go擬合度檢驗 Kolmogorov-Smirnov 單樣本統計量  Wilcoxon 符號排名測試 雙樣本測試 Wilcoxon 秩和檢驗 Mann-Whitney 檢驗 Kolmogorov-Smirnov 測試

    3. 假設的多重檢驗

      I 類錯誤和 FDR ROC 曲線和 AUC 多種測試程式(BH、Bonferroni 等)

    4. 線性回歸模型

      用於提取模型資訊的泛型函數 更新擬合模型 廣義線性模型 家族 glm() 函數

    分類 邏輯回歸

      線性判別分析
    無監督學習 主成分分析
  • 聚類方法(k-means、分層聚類、k-medoids)
  • 5. 生存分析 (生存套餐)
  • r 中的生存物件 Kaplan-Meier 估計、對數秩檢驗、參數回歸 置信區間 刪失(間隔刪失)數據分析 Cox PH 模型,常數協變數 Cox PH 模型,瞬態協變數 類比模型比較(比較回歸模型)
  •  6.   方差分析
  • 單因素方差分析 方差分析的雙向分類 多元方差分析
  • 三、生物資訊學           中存在的問題

      limma包簡介 微陣列數據分析工作流程 從GEO下載數據:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397 資料處理(QC、歸一化、差異表達) 火山地塊              Custering 示例 + 熱圖
      28 時間:

    人數



    每位參與者的報價

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